Krachtens art. 151, § 1, eerste lid Gw. is het openbaar ministerie onafhankelijk in de individuele opsporing en vervolging, onverminderd het recht van de bevoegde minister om de vervolging te bevelen en om de bindende richtlijnen van het strafrechtelijk beleid, inclusief die van het opsporings- en vervolgingsbeleid, vast te leggen.
Volgens de parlementaire voorbereiding van art. 151 Gw. “[is] het openbaar ministerie onafhankelijk [...] wanneer het de strafvordering instelt en dus bij het vervolgen van misdrijven, zij het dat het openbaar ministerie hier [...] geen rechterlijk ambt uitoefent maar veeleer een ambt van de uitvoerende macht en aldus onderworpen is aan het gezag en het toezicht van de minister van Justitie. Vandaar dat paragraaf één verwijst naar de mogelijkheid van de minister van Justitie om de strafvervolging te bevelen (art. 274 e.v.: het positief injunctierecht), evenals naar de bevoegdheid van de minister van Justitie om de richtlijnen van het strafrechtelijk beleid, inclusief die van het opsporings- en vervolgingsbeleid, vast te stellen”.
Rekening houdend met de injuncties en de richtlijnen inzake het strafrechtelijk beleid van de minister van Justitie, na advies van het college van procureurs-generaal krachtens art. 143quater Ger.W., dient het openbaar ministerie noodzakelijkerwijs in concreto en voor elke zaak afzonderlijk te beoordelen of het opportuun is de strafvervolging in te stellen.
De richtlijnen inzake het strafrechtelijk beleid kunnen algemene criteria en modaliteiten bevatten om het opsporings- en vervolgingsbeleid uit te oefenen, maar zij mogen niet “leiden tot het buiten werking stellen van een wet of impliceren dat de minister van Justitie een individueel negatief injunctierecht zou uitoefenen” (Parl.St. Kamer 1996-97, nr. 867/6, p. 4). Het Hof heeft erop gewezen dat de minister van Justitie bij de uitoefening van de hem toegekende bevoegdheid art. 10 en 11 Gw. in acht moet nemen en dat het de administratieve of de gewone rechtscolleges toekomt om, binnen de grenzen van hun bevoegdheid, daarop toe te zien (zie o.m. de arresten nrs. 52/97 en 20/2013).
Hoewel het openbaar ministerie onafhankelijk is in de individuele opsporing en vervolging, zijn de voormelde richtlijnen bindend voor alle leden van het openbaar ministerie. De richtlijnen bepalen op algemene en abstracte wijze het beleid dat de leden van het openbaar ministerie bij de opsporing en vervolging van misdrijven dienen te volgen en dragen op die manier bij tot de rechtszekerheid van de rechtsonderhorigen.
Art. 28quater, eerste lid Sv. bevat het beginsel van de opportuniteit van de vervolging voor de procureur des Konings. Het derde lid van dezelfde bepaling stipuleert dat, hoewel de opsporingsplicht en het opsporingsrecht van de procureur des Konings blijven bestaan nadat de strafvordering is ingesteld, die plicht en dat recht ophouden te bestaan voor de feiten die bij de onderzoeksrechter zijn aangebracht voor zover het opsporingsonderzoek zijn prerogatieven bewust zou aantasten.
Behalve in de gevallen van ontdekking op heterdaad of van mini-instructie, kan de onderzoeksrechter de strafvordering zelf niet op gang brengen (art. 28septies en art. 61 Sv.).
Het gerechtelijk onderzoek, dat in art. 55, eerste lid Sv. is gedefinieerd als het geheel van de handelingen die ertoe strekken de daders van misdrijven op te sporen, de bewijzen te verzamelen en de maatregelen te nemen die de rechtscolleges in staat moeten stellen met kennis van zaken uitspraak te doen, wordt zowel à charge als à décharge gevoerd (art. 56, § 1, eerste lid Sv.).
De onderzoeksrechter, die in de strafvordering niet optreedt als partij, in tegenstelling tot het openbaar ministerie, geniet een volledige onafhankelijkheid in de vervulling van zijn opdracht.
Volgens art. 128, eerste lid Sv., verklaart de raadkamer, indien zij van oordeel is dat het feit noch een misdaad, noch een wanbedrijf, noch een overtreding oplevert, of dat tegen de inverdenkinggestelde generlei bezwaar bestaat, dat er geen reden is tot vervolging. Indien zij daarentegen van oordeel is dat het feit een overtreding uitmaakt of tot de bevoegdheid van de correctionele rechtbank behoort, verwijst zij de inverdenkinggestelde naar de bevoegde rechtbank (art. 129 en 130 Sv.).
Tegen de beschikkingen van de raadkamer kan bij de kamer van inbeschuldigingstelling hoger beroep worden ingesteld door het openbaar ministerie en de burgerlijke partij (art. 135 Sv.).
Uit deze bepalingen vloeit voort dat, ongeacht het resultaat van het gerechtelijk onderzoek waartoe de onderzoeksrechter is overgegaan, een onderzoeksgerecht, in casu de raadkamer, tegen wier beschikking beroep kan worden ingesteld, beslist over het gevolg dat moet worden gegeven aan de strafvordering, zodra die op gang is gebracht. De zaak wordt in principe enkel aan de onderzoeksrechter onttrokken door de beschikking waarbij de raadkamer haar rechtsmacht over de strafvordering heeft uitgeput.
Het achtste lid van dezelfde paragraaf bepaalt dat, indien de procureur des Konings het recht uitoefent om een minnelijke schikking voor te stellen wanneer de onderzoeksrechter reeds met een gerechtelijk onderzoek is belast, de strafvordering tegen de dader die de aldus voorgestelde minnelijke schikking heeft aanvaard en nageleefd, vervalt.
In beginsel worden aanvaard dat de wetgever in de mogelijkheid voorziet om tot een minnelijke schikking in strafzaken te komen terwijl het dossier bij een onderzoeksrechter aanhangig is gemaakt. Het openbaar ministerie zou in dat stadium, in het licht van de resultaten van het gerechtelijk onderzoek, immers over meer elementen kunnen beschikken waardoor het de opportuniteit om een minnelijke schikking in strafzaken voor te stellen beter kan beoordelen.
Op dezelfde wijze gebieden het recht op een eerlijk proces en de daaraan inherente onafhankelijkheid van de onderzoeksrechter dat aan de strafvordering maar een einde kan worden gemaakt via een minnelijke schikking in strafzaken, op voorwaarde dat de raadkamer of de kamer van inbeschuldigingstelling bij de regeling van de rechtspleging, zoals zij dat in de twee andere hiervoor bedoelde gevallen doet, een toezicht kan uitoefenen op de voorgenomen minnelijke schikking. Dat toezicht kan slechts als een daadwerkelijke rechterlijke controle worden beschouwd indien de beslissing inzake de minnelijke schikking wordt gemotiveerd.
Bijgevolg, in zoverre het het openbaar ministerie machtigt om via een minnelijke schikking in strafzaken een einde te maken aan de strafvordering terwijl het dossier bij een onderzoeksrechter aanhangig is gemaakt, zonder dat een daadwerkelijke rechterlijke controle op dat voorstel tot minnelijke schikking bestaat, is art. 216bis, § 2 Sv. niet verenigbaar met art. 10 en 11 Gw., gelezen in samenhang met het recht op een eerlijk proces en met het beginsel van de onafhankelijkheid van de rechter, zoals gewaarborgd bij art. 151 Gw. en bij art. 6.1 EVRM en art. 14, eerste lid, van het Internationaal Verdrag inzake burgerrechten en politieke rechten.